防疫外交戰，除了歐洲議會127位政要聯署聲援台灣，日本首相安倍晉三轉貼蔡總統的推特文章說，感謝台灣溫暖的支持，這一舉動讓中國大陸很不滿，大陸因此透過駐北京的日本大使館，向日本政府提出抗議。
安倍為此在4月8日用中文繁體字回應道：各位台灣的朋友們：對這次台灣許多朋友們的友情洋溢的鼓勵支持，我謹藉此機會表達誠摯的謝意。
我們一定可以打贏病毒的挑戰，共同度過這個難關！日本台灣一起加油！
對此，中方認為日方違背了“一個中國的原則”，向日方提出了抗議。
台灣的總統及立法委員選舉1月11日舉行投票與開票，民進黨候選人蔡英文再次當選。日本外務大臣茂木敏充1月11日發表談話，對蔡英文當選表示祝賀。
茂木敏充指出：台灣是與日本共有基本的價值觀，緊密的經濟關係和人員往來的重要的夥伴和朋友。日本政府將一如既往，深化與台灣非政府間的實務關係及交流與合作。
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