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前總統李登輝已於7月30日病逝，他推動台灣民主化，有其歷史定位，但在台海「導彈危機」過程中，也因為李登輝一句話，讓台灣布建在中共內部的情報網破功，導致共軍少將劉連昆慘遭處死。其後，李登輝的「特殊國與國關係」論述，也讓台海局勢一陣緊繃。
李登輝接任總統後，曾積極處理兩岸事務，並派出密使穿梭台海。最有名即為蘇志誠和鄭淑敏，成功促成「辜汪會談」，確立兩岸以「海基會」和「海協會」往來的體制，為兩岸交流帶來一大進展。
李登輝也在1990年成立「國家統一委員會」，1991年通過《國家統一綱領》，1993年任內有了首次「辜汪會談」，簽署四項協議，兩岸往來逐步正常化。但在1994年，李登輝的發言卻開始轉向，並在與日本作家司馬遼太郎的對談中，表達了「國民黨是外來政權」及「生為台灣人的悲哀」等思想，相關發言被認為是台灣主體、本土意識的表現。
1995年李登輝以訪問母校康乃爾大學為由，前往美國進行為期6天的私人訪問，這也是我國元首首次訪問美國，並在康乃爾大學發表《民之所欲，長在我心》演說，其中提到台灣已實現「主權在民」，並宣布「明年春天，中華民國的選民更將首次直接選舉總統、副總統。」
1996年，台灣第一次民選總統前，中共在台海實行軍演，這一次「導彈危機」後，李登輝雖然成功當選中華民國首任民選總統，但其過程中，李登輝一句中共軍演發射的是「啞彈、空包彈」，讓台灣布建在中共內部的情報網，立即破功。被台灣吸收的中共少將劉連昆遭到處死，連帶有數十名人員遭判刑入獄。
1998年，李登輝接受德國《明鏡週刊》專訪，強調我國是主權獨立的國家，不適用「一國兩制」；進一步於1999年，接受《德國之聲》專訪，首度提出兩岸的「特殊國與國關係」，也就是俗稱的「兩國論」，引發國際關注，台海局勢瞬間緊繃。
針對李登輝的「特殊國與國關係」論述，中共政府當然強烈批判，並停止海協、海基兩會交流對話機制，局勢一觸即發；當時的美國總統柯林頓非常擔憂「特殊國與國關係」論述會誘使中國對台動武，並在李登輝發言隔天，透過時任美國在台協會理事主席卜睿哲致電我國駐美代表處。最後是由李登輝接見卜睿哲時，向美方說明大陸政策並沒有任何改變，藉此平息美方疑慮。
值得一提的，李登輝的「特殊國與國關係」論述，對台灣、兩岸關係影響深遠，其中起草人之一包含現任總統蔡英文。
