敦睦艦隊磐石艦爆發群聚感染，目前已有24例確診新冠肺炎，這起事件也引發各界諸多質疑。國軍口罩會議紀錄曝光，會議結論寫下「請國防部將14天10片之口罩如實分配予每位國軍同仁」。然而，敦睦艦隊14日要解除隔離之際，國防部主動向行政院要求再次召開口罩會議，並稱要確認能否每人每天發1片以及健保卡註記等，政院高層才驚覺國防部並未完全落實會議結論。
從艦隊返航至今，首先軍方說法前後不一，包含立院備詢時稱「健康沒問題」，但半夜公布226人次就診；其次，國防部稱隔離期滿前無官兵離艦，卻遭爆14日官兵溜下船購物；第三、軍方稱在帛琉全程戴口罩照片曝光證明說謊；第四，謊稱每人一天一片口罩，口罩數字卻兜不攏；最後，緊急召回辯稱未進入校園，遭立委秀照片打臉等五大謊言。
國防部21日晚間由國防部長嚴德發親上火線召開記者會，公布磐石艦初步調查結果以及懲處名單，對此事件，國防部提出「防疫通報機制未落實」、「未即時傳遞防疫動態資訊」、「聯檢疫調欠嚴謹」、「事前防疫措施規劃不足」四大缺失，並指出敦睦支隊長卻未按照規定通報，顯有通報不確實的缺失。
嚴德發說，面對這次缺失，「我已經向蔡英文自請處分」，總統也請國防部誠實面對、徹底檢討，國防部也會全面配合疫情中心調查，「國軍不會鬆懈」。
嚴德發提到，他要向國人報告，這次敦睦艦隊出訪目的的必要，亦即藉這次訓練，讓實務與理論互相結合，並達到敦睦邦誼。
新冠肺炎多人確診事件公布懲處名單，國防部長嚴德發向蔡英文總統自請處分，海軍司令劉志斌自請處分，海軍艦指部指揮官高嘉濱調職，海軍敦睦支隊長陳道輝少將調職。
嚴德發表示，他該負的政治責任，一定負責，也接受任何處分，包括辭職。
羅致政指出，整個事件中，以目前證據來看，最主要是隱匿疫情跟通報不實。其中艦隊人員下艦前的聯合檢疫沒有落實，這部分要追究艦隊指揮官責任。
羅致政說，另一部分是通報不實，如果事件發生當下，第一線主管有向上層通報，事情可能不會這麼嚴重。至於外界所說的規劃，那都是後話，主要還是因為隱匿和通報不實。
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