隨著小三通的熱絡，往來金廈、金泉的小三通交通船進出水頭港很頻繁，民眾反映小三通交通船進入水頭港，未減速入港，挾帶的湧浪影響到金烈交通船的靠泊穩定度，會波及旅客的上下船安全。金門港務處長表示，該處會確實要求各船公司的船隻進港，務必要減速的行駛，以維護海域的航安。
烈嶼鄉的對外交通僅靠每隔半小時的交通船聯繫金門本島，交通船停泊在水頭碼頭，在風平浪靜的情形下，還會突然出現劇烈的搖晃，讓旅客感到很疑惑。經常往來金烈間的洪江漢抱怨說，在風平浪靜的氣候下，不應該發生船隻劇烈搖晃的現象，小三通交通船不管是進出水頭港，都應慢速行駛，維護金烈海域的航行安全。
負責金烈海上交通的縣營浯江輪渡公司船員說，靠近水頭碼頭的附近水域，有指引金烈交通船和小三通交通船的航道浮標，從東渡駛往水頭港的小三通交通船沿著燈浮標JT2號內側近金烈交通船停泊的浮動碼頭方向行駛，又未減速入港，頓時挾帶的湧浪，影響到金烈交通船的停泊穩定度，劇烈的搖晃，嚴重影響到旅客上下船的安全，有時停放在交通船的機車，還會傾倒，甚至交通船的纜繩也會被扯斷，可見力度之大。
港務處長也針對該項問題做回映表示，該處會要求縣營浯江輪渡公司、以及小三通交通船公司確實做好交通船入港的通報作業，也會要求行經金門到泉州的輪船公司，進入水頭港北防坡堤附近海域就要減速入港；從東渡到金門的輪船公司，進入塔山電廠附近海域也要減速入港，以維護海域的安全。
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