即時斬斷病毒傳播鏈，精確疫調是現階段防疫重點。疫調人員不只要與時間賽跑，經由調查，指揮中心一月頒布的「嚴重特殊傳染性肺炎疫情調查及接觸者追蹤指引」至今已2度翻修，疫調單更是3度更新、進化，疑似病例的發病症狀從一開始只列了15個症狀，新增為20個症狀，多了5個症狀。
這次疫調作業由中央防疫醫師與各地衛生單位合組疫調團隊，在通報個案一確診後，馬上拿著疫調單啟動疫調，由於疫情嚴峻，疫調的SOP更採滾動式修正，隨時檢討，指揮中心在一月5日、16日、30日共3度更新內容，每次修正都可看出對染疫症狀及疫情的研判。參與疫調決策的官員說，這是參考國內外的最新疫情報告而調整，才能讓疫調更精準。
前後3個版本的疫調單，在發病症狀方面，最初只鎖定發燒38度C、全身倦怠、肌肉酸痛、關節酸痛、喉嚨痛、流鼻水或鼻塞、咳嗽、呼吸困難、胸痛、嘔吐、腹瀉、尿量減少、下肢水腫、血尿、胸部影像學檢查顯示肺炎等15個症狀，但最新版已因應臨床經驗，增加了意識混亂躁動、頭痛、結膜充血、腹痛、噁心等五大症狀。
除了這20大臨床症狀，自3月下旬開始，指揮中心公布的疫調資料也揭露，確診個案已出現了味覺、嗅覺喪失或遲鈍等過去沒發現的新症狀。
不只發病症狀，檢視疫調單3次改版內容，在過去接觸史上，原只調查同住家屬、親友是否發燒，或曾否接觸不明原因急性呼吸道病例，新版增加了曾否接觸發燒或呼吸道症狀者，以及接觸可能或確定病例之呼吸道分泌物、體液。活動史部分，最初只鎖定武漢市或當地華南海鮮市場、以及醫療院所，隨疫情發展新增了武漢市其他市場、任何野味市場，最新版的旅遊史再擴大至中國湖北省或公告疫區。
至於發病後的可能接觸者，初版疫調單僅調查提供照護、相處、接觸病患呼吸道分泌物或體液的醫療人員及同住家人，最新版擴大至同住者，並新增是否曾與確認病例在無適當防護下2公尺近距離接觸之醫療機構人員。至於機上接觸者，原只限縮在同排及前後各2排共5排的旅客，最新版也擴大為同班機旅客，連機組人員也納入，都須調查是否有症狀或發燒。
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