財政部臺北市國稅局表示,採用曆年制之公司,99年度申請適用產業創新條例第10條(以下稱產創條例)研究發展支出之投資抵減者,應於100年6月30日前向中央目的事業主管機關申請研發活動事實之認定,並於辦理營利事業所得稅結算申報時,填報營利事業所得稅結算申報書租稅減免附冊第15之2頁,檢附相關證明文件,始有投資抵減獎勵之適用。
該局說明,公司如同時有依廢止前促進產業升級條例第6條(以下稱廢止前促產條例)規定,98年度及以前年度營利事業所得稅結算申報經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之投資抵減稅額及依產創條例規定抵減當年度研究發展支出投資抵減稅額,因產創條例規定只能以研發支出的15%作為抵減稅額,且最多只能抵減當年度應納稅額30%,故應先依產創條例規定以當年度研究發展支出投資抵減稅額抵減,如仍有應納稅額尚未抵減,再依廢止前促產條例規定,以經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之投資抵減稅額抵減,其抵減總金額以當年度應納營利事業所得稅額之50%為限,但廢止前促產條例之最後年度抵減稅額,不在此限。
舉例說明,A公司99年度營利事業所得稅應納稅額為新臺幣(下同)1,200萬元,99年度符合產創條例之研發支出3,000萬元,則可抵減稅額為450萬元(3,000萬元×抵減率15%),另A公司尚有未抵減之廢止前促產條例投資抵減餘額,95年度為400萬元,96年度為300萬元;其99年度產創條例抵減稅額上限為360萬元(1,200萬元×30%),廢止前促產條例上限為240萬元(1,200萬元×50%-360萬元),因95年度為廢止前促產條例最後一年,故不計入上限,則A公司99年度可抵減稅額為1,000萬元(360萬元+240萬元+400萬元)。
該局呼籲,公司於申報99年度營利事業所得稅結算申報時,若有研發支出適用投資抵減,應檢視是否已向中央目的事業主管機關提出申請認定,並於計算當年度可抵減稅額時,若有以前年度尚未抵減之餘額,應注意其抵減順序及抵減上限,以維護自身權益。